國定古蹟/縣定古蹟
(資料建置中)
馬公市
市區
澎湖天后宮，「闔澎」首座公廟，台灣最古老媽祖廟。建於明萬曆32年，明代已有媽祖宮，康熙23年加封為天后。大正11年重建，石柱雕花、彩繪豐富，白灰石壁如山岳，巍峨宏偉。民國72年指定為臺閩第一級古蹟，經政府修復保存。神龕供奉金面媽祖，慈眉善目。天后宮歷史悠久，見證澎湖信仰文化，為寶貴古蹟。
媽宮古城位於澎湖馬公，清光緒13年興築，為澎湖最後一城。聚落與商業繁榮，成市七街。防禦需求下，光緒13年興建城牆及砲臺，重要防線。日治時期部分拆除，城牆保留至今，阻擋西側攻擊。儘管歷史相對短暫，但因戰爭與都市發展見證，是臺灣海上防禦代表，具軍事價值。
馬公金龜頭礮臺，建於康熙56年、同治3年、光緒13年及明治35年。1887年由吳宏洛建，裝備強大砲兵，為澎湖三座最強礮臺之一。乙未戰爭中，成為日軍攻占馬公要地，具戰略重要性。由劉銘傳新建，同時與西嶼西臺、東臺同時興建，歷史價值卓越。座落馬公街區，對澎湖觀光有重要意義。
第一賓館，日據時期建，曾迎蔣公、經國、登輝等多位國家元首。民國47年「八二三」砲戰，蔣公駐鎮賓館成指揮所，歷史意義重大。為和洋混合風格的日式建築，保存良好，建積約550平方公尺。作為戰略設施兼行館，具有充實人文、歷史、軍事價值。民國90年委由樹德科大調查研究，95年由徐裕健建築師設計修護，由長太營造廠承包修護，完工於95年。
媽宮城隍廟建於乾隆44年，澎湖特有之城隍廟，承襲明朝尊奉城隍為城池守護神的傳統。乾隆55年起，歷經多位通判及遊擊的修建，成為澎湖的重要祭祀中心。光緒11年法戰後，廟宇更獲封為「靈應侯」，享譽同府城隍。光緒15年澎湖廳署遷至馬公，廟成為官方祭祀之所。昭和8年日治時期進行大規模改建，後於民國71年及88年分別進行修護工程。
文澳城隍廟，澎湖早期聚落，康熙23年起成行政中心，乾隆時建，是最早城隍廟。雍正8年或在康熙雍正間建，咸豐元年曾修。光緒15年澎湖廳署遷後成地方廟。日治時信徒舉行宗教活動，民國39年集資重修，56年再修，保留澎湖廟宇色彩。民國100年三度修復。
臺廈郊會館源起於澎湖水仙宮，據《台灣志略》記載，該廟由薛奎於康熙35年建立，成為重要的信仰中心。水仙宮為來往海上行船的人祈福，薛奎在乾隆45年捐資重修，光緒元年更由商民主導大規模修建，成為「臺廈郊會所」，供行商休憩。廟宇歷經多次修復，仍保留其歷史與信仰價值。
四眼井位於澎湖馬公中央街北端，可能源自古代為重要航站，提供生活用水。馬公中央街早期因井而得名「大井街」。花崗岩板搭蓋成汲水平臺，四孔取水孔維護秩序。至1930年代，自來水普及，四眼井漸變洗滌用途，1971年成觀光景點。1985年被指定為第三級古蹟，2007年改為縣定古蹟。
施公祠原名「施將軍廟」，建於清康熙23年，供奉水師提督施琅。道光12年改稱施公祠，紀念海壇殉職官兵。道光23年由戎澎兵丁捐餉銀重修。日治大正3年遷至現址，與海壇館合祀。施琅降清後在澎湖擁有勢力，向居民徵稅。乾隆2年清廷禁止，解除澎湖人民苛稅之苦。至今，施公祠見證澎湖歷史風華。
馬公市中央里的「萬軍井」位於施公祠前，1979年澎湖縣政府立碑宣稱此為施琅征澎湧出的「師泉井」。然而，此言源於雍正年間的謠言，實際水井在福建，非澎湖。根據1622年荷蘭《雷雨生日誌》記載，荷人抵澎後於小廟旁(媽祖宮、天后宮)水井取水。此井即為當時取水之地。
「乾益堂中藥行」位於澎湖縣馬公市中央街，是澎湖縣縣定古蹟，鄰近「四眼井」。清乾隆至光緒，馬公中央街為熱鬧商區，商店林立。中藥行成立於清代，矗立於中央街42號，曾是當地最繁榮之一，見證殖民與民國風華。该街在日據時期繁榮，被形容為「川流不息」，四家藥房競相林立。乾益堂中藥行，作為當地古老中藥房，見證澎湖歷史沿革。
觀音亭建於康熙35年，由澎湖遊擊薛奎創建，主祀觀音大士。歷經多次修建，包括乾隆、嘉慶、道光、光緒等年代。1885年法軍侵澎，廟宇被毀，次年完成重建。日治時期及民國初年再次重建，並增建涼亭和暮鼓晨鐘。1957年由鄉賢郭石頭集資修建，形成現今建築。2003年政府補助整修，耗時3年於2006年完成。
大山堡壘砲臺位於澎湖風櫃半島，標高29.5m，建於明治33年，是澎湖最早的日式砲臺之一。初建時占地嵵裡地區，成為日治時期澎湖島要塞之一。二戰後歸陸軍總司令部所有，後成為青灣營區所在地。營區撤離後劃歸澎湖縣，現為仙人掌公園計畫使用。
馬公支關始於明治29年，為日治時期澎湖唯一出入境口岸。明治36年興建媽宮港棧橋及填海築地工程，填海土地成為海關、貨場及市場。明治42年改為「台灣總督府稅關馬公支署」，興建西式承重牆辦公廳。戰後整併入港務局，民國86年改為「稽查組督導課督察四股馬公辦公室」，並成為高雄關稅局訓練中心。民國89年建築列為澎湖縣定古蹟。
澎南
風櫃尾荷蘭城堡建於1622年，為明鄭時期據點，後成海防砲臺。小型歐式城堡，平面55公尺，四角稜堡。荷蘭占領時備有29門大砲，成為澎湖歷史重要建築。屬荷蘭殖民時期制式砲台，與安平熱蘭遮城相似，為台灣最早砲台之一，象徵部落社會轉為集權社會。四周風景優美，為澎湖重要觀光景點。
澎湖蔡進士第位於馬公市興仁里，建於道光26年，為澎湖唯一進士蔡廷蘭所建，至今已有150年歷史。蔡廷蘭，澎湖唯一進士，生於嘉慶6年，中進士後在大陸仕途，咸豐9年病故。進士第建於道光26年，為其回鄉祭祖之所，結構精緻，門廊獨具特色。由於子孫未大規模整修，整體結構保存完整。縣政府於2011-2012年進行修復工程，使進士第重現昔日風采。
鎖港南北石塔，位於澎湖舊聚落北方，為防風沙設立的石塔，南塔民國64年整修，北塔則在民國53年由乩身建議增為九層。兩座黑石九層石塔，形式古拙，據說為補償沙丘風沙消失的地理缺陷。1999年環境整治後成為觀光景點，於2000年指定為澎湖縣定古蹟。
湖西鄉
林投日軍上陸紀念碑建於1936年，高約5公尺，八角形花崗岩結構，面積約434平方公尺，設於澎湖。1945年戰敗後改為「抗戰勝利紀念碑」，碑體白色，紅色碑文。未對周圍環境做改建，保存原貌。
日軍龍門裡正角上陸紀念碑建於1924年，高約2公尺，花崗岩建造，是台灣最早有關日軍入侵的碑。戰後改為「台灣光復紀念碑」，後遭棄置在路旁，現已由政府扶正，立於土地廟東側圍牆邊。
拱北礮臺，光緒12年新建，是澎湖九座新式砲台之一，唯一內陸砲台，具歷史價值。位於拱北山，掩護馬公港背面，曾是乙未之役日軍攻佔目標，戰鬥激烈。攻陷後，日軍進入馬公城。現為軍事重地，保留澎湖歷史記憶。
西嶼鄉
西嶼西砲臺位於澎湖，建於1683年，清日戰爭時加強防禦。1883年為加強澎湖守備，據施琅之命在澎湖新建，現僅存土垣。1885年法軍攻佔，1895年日本接收澎湖後再度強化。兩次世界大戰期間，砲臺經多次修正。1983年列為國定古蹟，現為保存完整的歷史砲臺。
西嶼東臺建於清光緒12年，為澎湖防禦四座砲臺之一。劉銘傳於光緒13年動工，至光緒15年竣工裝砲，配備七吋及八吋、十吋阿姆斯脫郎後膛大砲。日軍入侵時，東臺曾發揮威力，部分守軍英勇陣亡。戰後，成為國定古蹟，營舍增建。民國80年指定為一級古蹟，撤離時間延至101年。具歷史價值，見證澎湖重要防線歷史。
西嶼燈塔（漁翁島燈塔）位於澎湖西嶼，建於清乾隆43年，為台澎首座燈塔。英工程師設計，於清同治13年改建為鑄鐵圓塔，高11公尺，燈高67.7公尺。入口額頂刻英文題字（DAVID M.HENDERSON 1874）。日治時設有氣象觀測器，有線電話連接媽宮。二戰時遭轟炸，未受重創。現為四等旋轉透鏡電燈，光力18萬燭光，光程25.1海浬，並配備電霧號。
澎湖二崁陳宅建於明治43年，由陳嶺與陳邦兄弟興建，歷時兩年完成。陳家兄弟原自金門，移居二崁，發跡於台灣本島的漢藥事業，經營元益藥鋪。陳邦更因義助同船鄉親而得到所需建屋木材。大厝完工後分家，產業歸邦所有。歷經傳奇事蹟，陳家兄弟以「澎湖嶺」與「邦伯」聞名。建築歷史悠久，見證澎湖獨特歷史風貌。
內垵村為抵禦「海瀨礁」沖煞，於道光23年由呂論率村民興建兩座陰陽塔，象徵鄉土共同守護。以百公尺牆相連，防海水倒灌，並象徵聯手對抗外來威脅。因形似箭，稱為塔公、塔婆，具陰陽調和之寓意。
漁翁島稅關監視署成立於明治33年，主要負責對往來中國、台海的船隻徵稅。由於中日戰爭交通中斷，於昭和16、17年撤銷，該署撤出後，曾由洪啟育先生租用至民國54年，後其出資購入。目前建築閒置中。
昭和19年，日軍推出水中特攻兵器「震洋艇」，由摩托艇改造而成，全長約5公尺，動力為汽油機，最大速度25節，單艘搭載250公斤高爆炸藥。研製者藉膠合板減輕重量，面對鋼材匱乏。此艇於5月27日下水，艇首裝有火箭發射器及割網器。其決死性質及高爆威力使其成為日軍特攻計畫的一環。
光緒9年，李嘉棠建海防砲臺於澎湖，劉銘傳強調重要性。光緒13年，吳宏洛建立金龜頭、拱北、西嶼西、西嶼東及東城等砲臺，搭載英國製大砲。各砲臺內設有藥彈總庫、大小藥庫，並建大火藥庫，為澎湖新式彈藥庫。日治時期，興建要塞砲兵大隊，於明治41年完成8年工程，共有15座砲臺，配備52門火砲。各砲臺備有彈藥支庫及砲側庫，並在交通便捷地點設立彈藥本庫，包括西嶼彈藥本庫，發揮制敵效果。